Centrum Edukacyjne Archidiecezji Warmińskiej erygował 31 maja 2011 r. Arcybiskup Metroplita Warmiński dr Wojciech Ziemba.

4 maja 2012 r. weszło w życie Rozporządzenie Ministra Administracji i Cyfryzacji z dnia 30 marca 2012 r. w sprawie nadania osobowoścci Prawnej Centrum Edukacyjnemu Archidiecezji Warmińskiej"

Centrum posiada osobowość prawną kościelną i cywilną.